巧克力囊肿又叫做卵巢子宫内膜异位囊肿，是因为子宫内膜异位而产生的一种疾病，因子宫内膜异位，月经时子宫内膜碎片进入卵巢或盆腔，形成了囊肿。正常情况下子宫内膜生长在子宫腔的内表面，以覆盖宫腔，为受精卵提供着床。而子宫内膜异位，就是异常的子宫内膜生长到子宫腔内表面以外的地方去了，比如最常见的是卵巢、盆腔、腹膜、肠表面等。异位的子宫内膜也有正常子宫内膜一样的功能特性，每次月经来潮就会剥脱出血。
生长在卵巢上的异位子宫内膜在卵巢上安营扎寨，每次月经来潮就剥脱出血，然后卵巢修复，周围炎症粘连，逐渐就形成了囊，囊腔内就随着出血越来越多，氧化机化形成巧克力样粘稠物质。并且增大的囊肿压迫了卵巢皮质，使其变薄，破坏卵泡的正常发育，干扰生殖内分泌，从而影响排卵。巧囊可能会破裂，导致囊内液漏出并与周围输卵管肠道紧密粘连，影响输卵管的形态功能，干扰了输卵管捡卵的功能。那么巧克力囊肿的治疗方式有哪些？药物治疗，药物治疗一般分为中药治疗和西药治疗。如果囊肿所在的地方在于卵巢，因卵巢跟肝经有关，囊肿的形成在中医看来跟肝气郁结有关，一般采用外敷药物治疗，起到调节气血、消散郁结、活血止痛、治标治本的功效。西药的主要做法是性激素治疗，通过压抑雌激素的生成，来让巧克力囊肿形成的子宫内膜减少，从而达到治疗巧克力囊肿的目的。
手术治疗，手术治疗往往适用于病情较为严重，用药物治疗没有效果的患者。当巧克力囊肿的直径达到了3厘米时，应该及时进行手术，避免囊肿发生破裂，尽可能的保留卵巢组织，术后还需要服药避免囊肿的复发。放射性疗法。也称为姑息治疗，适用于手术后的辅助治疗，或是无法手术的患者姑息治疗，但有一定的副作用，须谨防对卵巢的额外威胁。
巧克力囊肿会影响卵泡的正常发育，还会干扰女性生殖系统的正常分泌，有数据显示，巧囊患者不孕的可能性为40%左右。因此，答案是有可能。
